อาณาจักรศรีโคตรบูร หรือ อาณาจักรโคตรบูร เป็นอาณาจักรโบราณที่มีความสัมพันธ์อย่างแนบแน่นกับนครเวียงจันทน์ยุคจันทะปุระ (ราวพุธศตวรรษที่ 1 - 10) และยุคซายฟอง (ราวพุธศตวรรษที่ 10 - 12) เริ่มมีพัฒนาการมาตั้งแต่สมัยก่อนพุทธกาลถึงพุทธศตวรรษที่ 11 - 15 หรือระหว่าง พ.ศ. 1000 - 1500 มีพื้นที่ครอบคลุมบริเวณสองฝั่งแม่น้ำโขง ซึ่งนักวิชาการบางกลุ่มเสนอว่า อาณาจักรโคตรบูรอาจแผ่อาณาเขตครอบคลุมไปถึงแขวงหลวงพระบาง โดยอาศัยหลักฐานทางโบราณคดีประเภทหลักหินที่ปรากฏที่เวียงจันทน์-นครพนม และเป็นที่มาของจังหวัดนครพนม ที่เชื่อว่าเป็นอาณาจักรศรีโคตรบูร ที่มีความเจริญรุ่งเรืองมากที่สุดในดินแดนแถบลุ่มแม่น้ำโขง ซึ่งในยุคนั้นมีทั้งอาณาจักรล้านช้าง สิบสองจุไทย เวียงจันทน์ จำปาศักดิ์ อยุธยาตอนต้น และอาณาจักรศรีโคตรบูร

โดยดินแดนสองฝั่งแม่น้ำโขงแถบนี้ก่อนที่จะมาเป็นอาณาจักรศรีโคตรบูร เคยเป็นดินแดนของอาณาจักรฟูนัน ซึ่งตามจดหมายกรีกกล่าวไว้ว่า อาณาจักรฟูนันเป็นอาณาจักรที่มีอำนาจแผ่ออกไปกว้างขวางจนถึงแหลมมลายูและพม่า ในพุทธศตวรรษที่ 5-11 ต่อมาเป็นดินแดนของอาณาจักรเจนละจนถึงพุทธศตวรรษที่ 14 กระทั่งต่อมาขอมได้มีอำนาจในแถบลุ่มแม่น้ำโขงจนถึงพุทธศตวรรษที่ 19 และเริ่มเสื่อมอำนาจลง ต่อมาพระเจ้าฟ้างุ้มได้รวบรวมหัวเมืองต่าง ๆ ในแถบลุ่มแม่น้ำโขงตั้งขึ้นเป็น “ราชอาณาจักรศรีสัตตนาคนหุตล้านช้าง” ตั้งแต่ปี พ.ศ. 1896 เป็นต้นมา เมื่อ อาณาจักรศรีสัตตนาคนหุตล้านช้าง มีอำนาจเหนือบริเวณลุ่มแม่น้ำโขง และแคว้นศรีโคตรบูร ก็เป็นเมืองลูกหลวงเมืองหนึ่งที่มีความเจริญรุ่งเรืองในแถบลุ่มแม่น้ำโขงตอนใต้ของอาณาจักรล้านช้าง ตามตำนานได้กล่าวไว้ว่า ผู้ครองนครแคว้นศรีโคตรบูร มีนามว่า พระยาศรีโคตรบอง เป็นราชบุตรเขยของพระเจ้าล้านช้าง พญาศรีโคตรบองเป็นผู้ที่เข้มแข็งในการออกศึกสงคราม เป็นที่โปรดปราณของกษัตริย์ล้านช้าง จึงได้ให้ตั้งเมืองใหม่ขึ้นที่ริมฝั่งแม่น้ำโขงตอนใต้ จึงได้ขว้างกระบองประจำตัวขึ้นไปในอากาศเพื่อเสี่ยงทายหาที่ตั้งเมืองใหม่ กระบองได้ตกลงแถบบริเวณ "เซบั้งไฟ" ริมฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขง ซึ่งอยู่ตรงข้ามกับอำเภอธาตุพนม แล้วตั้งเมืองใหม่ชื่อว่า "ศรีโคตรบูร" ขึ้นเป็นเมืองลูกหลวงของอาณาจักรล้านช้าง ต่อมาเมื่อเจ้าผู้ครองเมืองศรีโคตรบูรสวรรคตลงได้เกิดอาเพศและเภทภัยต่าง ๆ มากมาย จึงได้ย้ายเมืองไปตั้งอยู่ริมน้ำหินบูรณ์ ตรงข้ามกับอำเภอท่าอุเทน จังหวัดนครพนม ต่อมาบริเวณที่ตั้งเมืองที่ริมน้ำหินบูรณ์ได้ถูกน้ำเซาะตลิ่งโขงพังทลายลงทุกวัน จึงได้ย้ายเมืองลงไปทางตอนใต้ฝั่งขวาของแม่น้ำโขงบริเวณที่เป็นดงไม้รวกบ้านธาตุน้อยศรีบุญเรือง ริมห้วยบังฮวก แล้วเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น "มรุกขนคร" ซึ่งหมายถึง ดงไม้รวก ปี พ.ศ. 2330 พระบรมราชา เจ้าเมืองมรุกขนครเห็นว่าเมืองมรุกขนครที่ตั้งอยู่เป็นเวลานานถึง 20 ปี แล้วนั้นถูกน้ำเซาะตลิ่งโขงพังและบ้านเรือนราษฎรเสียหาย จึงได้ย้ายเมืองขึ้นไปตั้งทางเหนือตามลำแม่น้ำโขงที่บ้านหนองจันทร์ ห่างจากจังหวัดนครพนมไปทางใต้ ประมาณ 3 กิโลเมตร และในปี พ.ศ. 2337 ได้เกิดศึกพม่าทางเมืองเชียงใหม่ พระบรมราชาเจ้าผู้ครองเมืองมรุกขนครได้ไปออกศึกในครั้งนี้ได้บริโภคผักหวานเบื่อจนถึงแก่อนิจกรรมที่เมืองเถิน ท้าวสุดตา ซึ่งเป็นพี่ชายของพระมเหสีของพระบรมราชาได้นำเครื่องราชบรรณาการลงไปเฝ้า รัชกาลที่ 1 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก จึงได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ท้าวสุดตาเป็นผู้ครองเมืองมรุกขนคร และเปลี่ยนชื่อเมือง จาก "มรุกขนคร" เป็นเมือง "นครพนม" ขึ้นตรงกับกรุงเทพมหานคร ซึ่งชื่อนครพนมนั้นมีข้อสันนิษฐานไว้ 2 ประการ คือ คำว่า "นคร" หมายถึง เมืองที่เคยเป็นเมืองลูกหลวงมาก่อน และเป็นเมืองที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์ ส่วนคำว่า "พนม" ก็มาจาก พระธาตุพนม ปูชนียสถานที่อยู่คู่บ้านคู่เมืองมาช้านาน บางตำราก็ว่า เดิมสมัยประเทศไทยยังไม่เสียดินแดนฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขงไป สมัยสงครามฝรั่งเศส เมืองมรุกขนคร มีอาณาเขตกินไปถึงดินแดนฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขง คือ สปป.ลาว ซึ่งมีภูเขาสลับซับซ้อนมากมาย ไปจนถึงดินแดนของเวียดนาม เดิมที่อยู่ทางฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขงตั้งอยู่บริเวณที่มีภูเขาสลับซับซ้อน จึงนำคำว่า "พนม" ซึ่งแปลว่าภูเขามาใช้ ส่วนคำว่า "นคร" เป็นการดำรงชื่อเมืองไว้ คือ เมืองมรุกขนคร จึงนำคำว่าพนม ซึ่งพนมแปลว่าภูเขามาต่อท้ายคำว่านคร เป็น "นครพนม" ซึ่งหมายถึงหมายถึง "เมืองแห่งภูเขา" นั่นเอง

ทั้งนี้ คำว่า โคตรบูร อาจมาจากภาษาสันสกฤต คำว่า โคตะปุระ คำว่า โคตะ แปลว่า ตะวันออก ส่วนคำว่า ปุระ แปลว่า เมืองหรือนคร โคตะปุระจึงหมายถึงเมืองที่ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกหรือเมืองแห่งดวงอาทิตย์ นักวิชาการบางกลุ่มเห็นว่าอาจมาจากคำว่า สีโคด (ศรีโคตะ) กับคำว่า ปุนยะ (ปุณยะ) รวมกัน ขณะที่นักวิชาการบางกลุ่มเห็นว่า คำว่า โคตร (อ่านว่า โคด-ตะ) อาจมาจากคำว่า โคตมะ อันเป็นพระนามของพระโคตมะพุทธเจ้าซึ่งปรากฏที่มาของนามเมืองนี้ในคัมภีร์อุรังคธาตุนิทาน ตอนพระพุทธเจ้าเสด็จมากล่าวคำวุฒิสวัสดีและรับบิณฑบาตแก่พระยาศรีโคตรบูร รวมถึงบางกลุ่มเห็นว่า คำว่า โคตร อาจมาจากคำว่า โคตระ หรือ โคตรกระ (อ่านว่า โคด-กะ) อันมีที่มาเชื่อมโยงกับพระนามของกษัตริย์แห่งอาณาจักรที่ทรงมีตระบองขนาดใหญ่เป็นอาวุธ เป็นเหตุให้พระนามและอาณาจักรของพระองค์ถูกเรียกว่า โคตรบอง หรือ โคตรกระบอง เอกสารทางประวัติศาสตร์บางแห่งมีการเรียกชื่อเมืองต่างกันออกไป อาทิ เมืองตะบอง เมืองกะบอง เมืองตะบองขอน เมืองติโคตรบอง และ เมืองติโคตรบูร ส่วนคำว่า บูร นั้น ในเอกสารใบลานจำนวนมากนิยมเขียนทั้งคำว่า บุร บุน และ บอง ยกเว้นจารึกวัดโอกาส (ศรีบัวบาน) ในตัวเมืองจังหวัดนครพนม ซึ่งจารึกในสมัยล้านช้างที่เขียนว่า บูร

อย่างไรก็ตาม รูปอักขระของคำว่า บุร หรือ บูร ตามหลักการออกเสียงในอักษรธรรมลาว-อีสานโบราณนั้นสามารถอ่านได้ 8 แบบ คือ บุน บูน ปุน ปูน บุระ บูระ ปุระ และ ปูระ จึงทำให้เกิดข้อสันนิษฐานว่า คำว่า บูร เป็นสำเนียงลาวหรือสำเนียงท้องถิ่นที่มาจากการแผลงเสียงของคำว่า ปุระ ในภาษาสันสกฤต ส่วนเอกสารวิชาการบางแห่งที่เขียนคำว่า บูร เป็น บูรณ์ นั้น เกิดจากความคลาดเคลื่อนและความเข้าใจผิดของนักวิชาการ เนื่องจากในเอกสารโบราณและจารึกไม่ปรากฏคำว่า บูรณ์ อยู่เลย และคำว่า บูรณ์ นั้นมีความหมายแตกต่างจากคำว่า บูร หรือ ปุระ มาก